当ブログは、facebook、twitter等のSNSと連携する設定となっていることもあり、そちらのメッセージ機能を利用してお問い合わせをいただくことが時々あります。
おそらくは、ブログ記事のコメント欄で質問するには、基本的な質問のため、少しちゅうちょしてしまっているのではないかと思っています。
1週間ほど前、同じ質問を2件いただきました。
その質問に回答するには、文字数が多くなってしまうため、近々ブログの記事にしますよ～と回答して、もうすぐ10日になってしまうこともあり、そろそろ書こうか。。と重い腰ならぬ、重い腕をあげました。
質問の内容は、「所得控除」がよくわからないという内容です。
所得控除の説明が難しい理由
所得控除と、課税所得の数式
所得控除を含む、計算式を書きますと以下のようになります。
（年収）-（所得控除）=（課税所得）
何のこっちゃ？とう式になってしまいますね。
iDeCoで所得控除を説明する難しさ
iDeCo（個人型確定拠出年金）の特徴、というより最大のメリットは、ひとことで言うと税金が減ることです。ただ、その裏づけの説明となると、なかなか難儀してしまうところがあります。
それは、ブログを読んでいただいている方の
・収入
・家族構成
・勤務形態
・掛け金の金額
・普段実施されている節税対策（保険、ふるさと納税）
・非課税枠での収入（交通費など）
によって、結果金額がずれてしまう点になります。
「制度説明より、いくら税金が安くなるか結論を知りたい」というのが、私を含め、大部分の方のご意見だと思います。ですので、いまひとつ響かない結果が想像できるので、（私を含め）細かな説明を省いてしまうのだと思います。
勤務形態ごと、年収500万の場合の節税額を試算した記事はこちらになります。
※自営業の方は、売上900万、経費300万にて試算しております。
課税所得とは
1年間に稼いだ金額から、経費に相当する金額（所得控除）を指し引いて、課税される対象額（課税所得）を決めます。よって、所得控除が大きければ大きいほど、課税所得が減り、税金が減るという結果になります。
iDeCoにおける所得控除
同じ内容の説明ですが、2パターン記載いたします。理解しやすいほうをお読みください。
①iDeCo（個人型確定拠出年金）では、「掛け金の全額が所得控除」として認められていますので、掛け金の（全額）が課税所得から控除されます。
②iDeCo（個人型確定拠出年金）では、「掛け金を積み立てると所得税や住民税が減ります」、そしてその理由は、iDeCoで積み立てた掛け金が、課税される対象額からそのまま引かれます。
年収500万のサラリーマンの例
※給与明細を参照していただくとわかりやすいかもしれません。
ここで言っている年収は、総支給額の合計の話になります。
所得税や住民税の金額は、この年収を基に簡単に決まるのではなく、まずここから一定金額（所得控除）を差し引いて、「課税される対象金額（課税所得）」を求めます。
○所得控除
まず、年収からその金額を稼ぐために必要であったと想定される「経費」を引きます。サラリーマンの場合は、個別に経費を申告するのではなく、「年収が???円～???円なら、この計算式」と一律に決まっています。
これを「給与所得控除」といいます。
年収500万の場合、給与所得控除の計算式は、「収入金額×20％+54万円」ですので、給与所得控除で差し引くのは154万円です。
このほか、
・医療費控除
・生命保険料控除
・住宅ローン控除
・扶養控除
・特定支出控除（会社が認めた場合、資格取得費、単身赴任者などの帰宅旅費など）といった金額を引いた後の金額が、実際に課税される基準の額となり、これを「課税所得」と呼びます。
上記を見ていただければわかるとおり、収入が同じでも課税所得が少ないほど税金は少なくて済みます。
○iDeCoで発生するメリット
iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛け金は、全額課税所得から差し引かれます。（掛け金分課税所得が減ります。）
月23,000円ずつ掛け金を積み立てているとすると、年額では276,000円分が課税所得から差し引かれます。
所得税率が10％（年収500万なら、おそらくこちらに該当します。）なら、所得税額で年27,6000円、翌年の住民税でも27,600円、合わせて55,200円も税金が安くなるということになります。
将来自分が受け取る年金が積み上がっていくのに加え、今の税金も安くなるというのはありがたいことです。
○iDeCoの制限事項
大きなメリットがある制度ですから、iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛け金には上限額が決められています。一番少ない公務員で月額12,000円（年額144,000円）です。
個人年金保険（生命保険）で控除額が最大5万円（旧契約、年末調整でおなじみの処理）ですから、iDeCo（個人型確定拠出年金）拡大へ国が舵を切ったともいえるでしょう。
「年収500万じゃないよ」等、個別に給与所得控除を確認したい場合、こちらご参照ください、
まとめ
2017/1からの法改正移行、個人型確定拠出年金を取り巻く環境は一変しました。
かつて、金融機関はiDeCo（個人型確定拠出年金）ではなく、企業型確定拠出年金を中心に販売活動を行っていましたが、NISAの成功体験があったことと、2017/1/1～の法改正によって、iDeCo（個人型確定拠出年金）の口座獲得に躍起です。
ご興味ありましたら、下記の記事もご参照ください。